AUTODOCK VINA AS A TRAINING MODE OF THE FUTURE TEACHERS OF NATURAL SCIENCES

  • Liliia V. Reznichenko Kirovohrad Volodymyr Vynnychenko State Pedagogical University, Kirovohrad
Keywords: training mode, computer modeling, molecular docking, the program AutoDock Vina

Abstract

The article deals with the problems of implementation of the computer technology in training of future teachers of chemistry. The author proves the importance of the computer simulation method for the research of chemical processes and phenomena and considers the peculiarities of the molecular docking process. AutoDock Vina is viewed as the way to activate the cognitive activity of the students and to encourage their research. Theoretical concepts and practical recommendations on the formation of the students' skills while working with the software AutoDock Vina, designed for molecular docking, are defined.

Author Biography

Liliia V. Reznichenko, Kirovohrad Volodymyr Vynnychenko State Pedagogical University, Kirovohrad
Head of the Information departament computer laboratory

References

Безрукова Н. П. К вопросу о формировании информационной компетентности будущего учителя химии / Н. П. Безрукова, А. В. Кузьмин // RELARN – 2008 : материалы XV конференции представителей региональных научно-образовательных сетей. — Нижний Новгород – Пермь, 2008. — С. 216–217.

Биков В. Ю. ІКТ-аутсорсінг і нові функції ІКТ-підрозділів навчальних закладів і наукових установ / В. Ю. Биков// Інформаційні технології і засоби навчання. — 2012. — № 4 (30). [Електронний ресурс]. — Режим доступу : http://www.journal.iitta.gov.ua.

Валюк В. Особливості використання комп’ютерних технологій при вивченні хімічних дисциплін / В. Валюк // Збірник наукових праць Уманського державного педагогічного університету імені Павла Тичини / [гол. ред.: Мартинюк М. Т.]. — Умань : ПП Жовтий, 2011. — Ч. 3. — 326 с. — С. 24–29.

Довгопола О. В. Підготовка майбутнього вчителя до впровадження комп’ютерних технологій / О. В. Довгопола // Освіта Донбасу. — 2006. — № 3. — С. 116–117.

Жалдак М. І. Проблеми інформатизації навчального процесу в середніх і вищих навчальних закладах / М. І. Жалдак // Комп’ютер у школі та сім’ї. — 2013. — № 3. — С. 8–15.

Молекулярний докінг [Електронний ресурс]. — Режим доступу : http://portalnano.ru/read/tezaurus/definitions/docking

Морзе Н. В. Методика навчання інформатики. Частина 2. Методика навчання інформаційних технологій : навч. посіб. : У 3 ч. — К. : Навчальна книга, 2004. — 287 с.

Полупаненко О. Г. Комплексне використання засобів комп’ютерних технологій навчання у підготовці майбутніх вчителів хімії / О. Г. Полупаненко // Методика викладання природничих дисциплін у вищій і середній школі. XVI Каришинські читання [Текст] : міжнар. наук.-практ. конф. (м. Полтава, 25–26 червня 2009 р.) / М-во освіти і науки України, Ін-т педагогіки АПН України. — Полтава : Астрая, 2009. — С. 213–215.

Пырков Т. В. Молекулярный докинг: роль невалентных взаимодействий в образовании комплексов белков с нуклеотидами и пептидами / [Т. В. Пырков, И. В Озеров, Е. Д. Балицкая, Р. Г. Ефремов] // Биоорганическая химия. — № 36 (4). — 2010. — С. 381–437.

Сайт Нобелевского комитета [Електронний ресурс]. — Режим доступу : http://www.nobelprize.org/.

AutoDock Vina Manual [Електронний ресурс]. — Режим доступу : http://vina.scripps.edu/manual.html#faq.

Protein Data Bank [Електронний ресурс]. — Режим доступу : http://www.rcsb.org.

PyMOL [Електронний ресурс]. — Режим доступу : http://www.pymol.org.

The Official UCSF DOCK Web-site [Електронний ресурс]. — Режим доступу : http://dock.compbio.ucsf.edu/.

Trott O., Olson A. J. AutoDock Vina: Improving the speed and accuracy of docking with a new scoring function, efficient optimization, and multithreading / Oleg Trott, Arthur J. Olson // Journal of Computational Chemistry. — 2010, Volume 31, Issue 2, pages 455–461. [Електронний ресурс]. — Режим доступу до журн. : http://onlinelibrary.wiley.com/doi/10.1002/jcc.v31:2/issuetoc/

Vina Video Tutorial [Електронний ресурс]. — Режим доступу : http://vina.scripps.edu/tutorial.html.


REFERENCES (TRANSLATED AND TRANSLITERATED)

Bezrukova N. P. On the question about generating information competence of future chemistry teacher / N. P. Bezrukova, A. V. Kuzmin // RELARN – 2008: Materials of the Regional XV conference representatives of educational scientific networks. — Nizhny Novgorod — Perm, 2008. — S. 216–217. (in Russian)

Bykov V. Yu. ICT-outsourcing and new functions of ICT-departments of educational and scientifical institutions [online] // Informatsiini tekhnolohii i zasoby navchannia. — 2012. — № 4 (30). — Available from : http://www.journal.iitta.gov.ua. (in Ukrainian)

Valyuk V. Peculiarities of computer technologies in the study of chemical sciences / V. Valyuk // Materials of Uman State Pedagogical University named after Pavlo Tychyna / [Chap. yet.: Martynyuk MT]. — Uman: PP Yellow, 2011. — Part 3. — 326 p. –— S. 24–29. (in Ukrainian)

Dovgopola O. V. Preparing future teachers to implement computer technology / O. V. Dovgopola // Education Donbass. — 2006. — № 3. — S. 116–117. (in Ukrainian)

Zhaldak М.І. Problems of Informatization of the educational process in secondary and higher education // Kompiuter u shkoli ta simi. — 2013. — № 3. — P. 8–15. (in Ukrainian)

Molecular docking [online]. — Available from : http://portalnano.ru/read/tezaurus/definitions/docking. (in English)

Morze N. V. Technique of training to computer science. A part 2. A technique of training to information technology: Navch. posib.: U 3 ch. — K. : Navchalna knyha, 2004. — 287 p. (in Ukrainian)

Polupanenko O. H. Integrated use of computer technology education in preparing future teachers of chemistry /O. Polupanenko / Teaching natural sciences in higher and secondary education. XVI Karyshynski reading [Text]: Internat. scientific and practical. conf. (Poltava, 25–26 June 2009) / Ministry of Education and Science of Ukraine, Institute of Pedagogy Ukraine. — Poltava: Astraya, 2009. — S. 213–215. (in Ukrainian)

Pyrkov T. V. Molecular docking: the role of invalence interactions in forming protein complexes with nucleotides and peptides / [T. V. Pyrkov, I. V. Ozerov, E. D. Balytskaya , R. G. Efremov] // Bioorganic chemistry. — № 36 (4). — 2010. — S. 381–437. (in Russian)

Site Nobelevskoho committee [online]. — Available from : http://www.nobelprize.org/.(in English)

AutoDock Vina Manual [online]. — Available from : http://vina.scripps.edu/manual.html#faq. (in English)

Protein Data Bank [online]. — Available from : http://www.rcsb.org. (in English)

PyMOL [online]. — Available from : http://www.pymol.org. (in English)

The Official UCSF DOCK Web-site [online]. — Available from : http://dock.compbio.ucsf.edu/ (in English)

Trott O., Olson A. J. AutoDock Vina: Improving the speed and accuracy of docking with a new scoring function, efficient optimization, and multithreading [online] / Oleg Trott, Arthur J. Olson // Journal of Computational Chemistry. — 2010, Volume 31, Issue 2, pages 455–461. — Available from: http://onlinelibrary.wiley.com/doi/10.1002/jcc.v31:2/issuetoc. (in English)

Vina Video Tutorial [online]. — Available from : http://vina.scripps.edu/tutorial.html. (in English)

Published
2013-12-14
Section
Learning tools in modern pedagogical systems